系統(tǒng)工程處理具體問題時應(yīng)該遵循3個原則，即整體性、綜合性和最優(yōu)化。

1.整體性原則:就是把被研究的系統(tǒng)當(dāng)作一個整體看待，全面地、辯證地看問題。各部分組成系統(tǒng)后形成了系統(tǒng)的總體功能,系統(tǒng)的功能要大于各部分功能的總和,這不僅是一種量變，而且是一種質(zhì)變。此外，還要有時間上的整體觀念,要看系統(tǒng)的生命周期，不能只顧當(dāng)前，忽視長遠(yuǎn)，因此，看問題要有整體、全局、長遠(yuǎn)的觀點。

2.綜合性原則:任何系統(tǒng)都可看成是多元素的有機綜合體，具有多種的屬性。因此，在確定系統(tǒng)目標(biāo)時，應(yīng)進行多目標(biāo)的綜合。另外,對任何系統(tǒng)的研究，應(yīng)采用多學(xué)科高度綜合的方法,從系統(tǒng)的成分、結(jié)構(gòu)、功能、相互聯(lián)系方式、歷史發(fā)展及外部環(huán)境等多方面進行綜合考察。任何一項措施、一個方案，對&然、社會都會有不同影響，所以還應(yīng)進行多方案的比較和多效益的綜合。量的綜合導(dǎo)致了質(zhì)的飛躍，現(xiàn)代科學(xué)技術(shù)發(fā)展的趨勢是向系統(tǒng)綜合型發(fā)展，系統(tǒng)工程本身也正是綜合了許多學(xué)科而建立起來的。

3.最優(yōu)化原則:處理系統(tǒng)問題時，應(yīng)盡可能做到準(zhǔn)確、嚴(yán)密、按科學(xué)規(guī)律辦事。這要求有一個嚴(yán)格的工作步驟和程序，同時還應(yīng)該盡可能進行定量分析。通過對量的分析，可以更準(zhǔn)確地認(rèn)識事物的質(zhì)，這就必須借助數(shù)學(xué)方法，建立系統(tǒng)優(yōu)化模沏,然后在計算機上進行系統(tǒng)仿真，分析系統(tǒng)的運行及后果，對系統(tǒng)某些方面加以選擇和控制，使系統(tǒng)達(dá)到總體最優(yōu)。